Με προηγμένο εξοπλισμό υψηλών προδιαγραφών για την εκτέλεση όλων των σύγχρονων εργαστηριακών εξετάσεων, λειτουργεί το μικροβιολογικό εργαστήριο του City Hospital στην Καλαμάτα. Στο εργαστήριο μπορούν να προσέρχονται για εξετάσεις όλοι οι ασφαλισμένοι στον ΕΟΠΥ.